元璋在决策中 ， 在谈话中 ， 经常引证《孙子兵法》 。 元至正二十年（１３６０）闰五月 ， 陈友谅攻陷太平 ， 直扑应天 。 有人劝元璋亲自率舟师西上 ， 争夺太平 ， 抵御陈部 。 元璋分析了战争奇正变化形势 ， 认为不妥 ， 说：“敌知我出 ， 以偏师缀我 ， 我欲与战 ， 彼不交锋 ， 而以舟师顺流直趋建康（集庆 ， 南京） ， 半日可达 ， 我步骑亟回 ， 非一日不至 ， 纵能得达 ， ‘百里驱战’ ， 兵法所忌 ， 皆非良策 。 ”因而决定以反间之计诱敌深入 ， 以奇兵破之［（１６）］ 。 《孙子兵法·军争篇》谓：“倍道兼行 ， 百里而争利 ， 则擒三将军 。 五十里而争利 ， 则蹶上将军 。 ”在当时敌强我弱的情况下 ， 避免百里驱战 ， 疲于奔命 ， 正是《孙子兵法》的活用 。
至正二十三年（１３６３）八月 ， 鄱阳湖一战 ， 陈友谅授首 ， 太师张定边拥陈友谅次子陈理逃奔武昌 。 此时朱元璋并没有乘胜追击 ， 一举歼敌 ， 而是对他围而不打 ， 率主力返回了应天 。 直到第二年二月 ， 元璋才再次督师攻打武昌 。 对这个行动 ， 当时和事后许多人都不理解 。 至正二十四年（１３６４）二月武昌举城投降 。 元璋就人们对此提出的疑问作了解答 ， 说：“事有缓急 ， 兵贵权宜 ， 当陈氏兵败 ， 我岂不知乘胜以蹴之 ， 《兵法》曰：穷寇勿追 。 若乘胜急追 ， 彼必死斗 ， 杀伤必多法所谓‘穷寇勿追’ 。 吾故纵之 ， 遣偏师缀其后 ， 防其奔逸 。 料彼创残之余 ， 人各偷生 ， 喘息不暇 ， 岂复敢战？我以大军临之 ， 故全城降服 。 一者我师不伤 ， 二者生灵获全 ， 三者保全智勇 ， 所得不亦多乎？［（１７）］”“穷寇勿追”见《孙子兵法》之《军争篇》 。 在这里陈理破胆如惊伤之兔 ， 乘胜逐之 ， 似无不可 ， 元璋坚守“穷寇勿追”好象有些“拘守古法” 。 但是如果从全局考虑则并非如此 。 鄱阳湖一战 ， 元璋以少胜多 ， 打得相当吃力 ， 损伤相当惨重 ， 部队相当疲惫 。 勉强追击 ， 徒使陈理作困兽之斗 ， 增加自己的伤亡 。 再说 ， 还有东方张士诚的虎视眈眈 ， 以逸待劳 。 因而不如回师休整 ， 巩固腹心 ， 方为万全之策 。 这正是熟读兵书 ， 似拙而巧之处 。
至正二十七年（１３６７）张士诚被平定 ， 商议北伐大计 。 刘基根据当时的一路奏凯 ， 士气振奋的情况 ， 认为可以“乘胜长驱” ， 直下大都 。 这是普遍心理与认识 。 元璋却说：“元朝建都百年 ， 城守必固 。 若如卿言 ， 悬师深入 ， 不能即破 ， 顿于坚城之下 ， 餽饷不继 ， 援兵四集 ， 进不得战 ， 退无所据 ， 非我利也 。 吾欲先取山东 ， 撤其屏蔽 ， 旋师河南 ， 断其羽翼；拔潼关而守之 ， 据其户槛 ， 天下形势入我掌握 。 然后进兵元都 ， 则彼势孤援绝 。 可不战而克 ， 然后鼓行而西 ， 云中、太原以及关陇 ， 可席卷而下 。 ”［（１８）］这是一个稳妥而绝妙的战略布署 ， 极得《孙子兵法》“以迂为直”思想之三昧 。
元朝灭亡后 ， 作为残元劲旅的王保保（即扩廓贴木儿）一直活动在长城以西和以北 ， 大将徐达等在北方边境严兵驻守 。 洪武六年（１３７３）十一月 ， 元璋就如何利用与提防降卒问题驰谕徐达：“尔诸将屯军塞上 ， 为日颇久 。 军中动静 ， 王保保安得不知？兵法曰：‘多算胜 ， 少算不胜 ， 况无算乎？’此确论也 。 ……古之智将 ， 谋虑深长 ， 有鬼神不测之机 。 朕窃为将军虑之 。 尔所率步骑 ， 多王保保部属 。 当其来降 ， 实迫事势 ， 非出诚心 。 今随尔往征 ， 其心有不可测 ， 当以诚待之 ， 宜亦以计提防 。 今王保保力势虽微 ， 然多诈谋 ， 必筹之万全而后动 ， 能不战而屈之 ， 乃为上智 。 尔其勉之 。 ”［（１９）］多算 ， 少算 ， 无算之论 ， 出《孙子·计篇》 。 为了与王保保斗智 ， 元璋嘱付徐达要谨慎 ， 要谋而后动 ， 最好能作到“不战而屈人之兵 ， 善之善者也 。 ”（见《孙子·谋攻篇》） 。

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