这两件事情的发生，让明宪宗大为紧张，开始变得疑神疑鬼，深感到处都充满了危险，不仅设立了西厂加强侦缉，同时也加强了锦衣卫的职权 。
在成化以前，锦衣卫虽然可以自行逮捕、刑讯和处决人犯，刑部、大理寺、都察院无权过问，但除了皇帝授意的案件之外，锦衣卫在逮捕、审讯人犯之后，还要交由三法司定罪 。但从成化十四年（1478年）开始，锦衣卫审理完人犯之后，却是直接提交皇帝，三法司连顶嘴职权也没有了 。
锦衣卫这种独立于司法体系外的存在，为他们滥用刑罚提供了可能，以至于嘉靖时期的刑科都给事中刘济抱怨道，“国家置三法司，专理刑狱，或主质成，或主平反 。权臣不得以恩怨为出入，天子不得以喜怒为重轻 。自锦衣镇抚之官专理诏狱，而法司几成虚设 。”可以说，一旦被锦衣卫盯上，便等于已经宣判了死刑 。
不过，到了明武宗正德年间，由于大太监刘瑾大权在握，锦衣卫指挥使石义文对其极近阿谀奉承，虽然嘉靖年间陆炳执掌锦衣卫时，锦衣卫权力再次高涨，卫权甚至一度盖过厂权，但总体来说，正德年间以后，锦衣卫大部分时间都是依附于东厂的 。
也正是由于锦衣卫依附于东厂，导致其基本丧失了原本维护皇权的职能，彻底成为了内廷与外廷对抗的工具，此后的锦衣卫要么无所作为，要么沦为了东厂权利斗争的工具 。例如杨涟、左光斗便因与魏忠贤作对，被关入锦衣卫诏狱一月有余，受尽酷刑折磨最终死于狱中 。
综上，从朱元璋设立锦衣卫，到明成祖朱棣重启锦衣卫办案权，明朝中前期的锦衣卫就是为了维护皇权统治，主要以皇帝的意志行事，但正德年间以后的锦衣卫则丧失了这种职能 。而锦衣卫之所以让明朝朝野内外如此恐惧，则主要源于侦查无孔不入、办案不受节制和诏狱有死无生三点 。

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