前后两次大案，虽然锦衣卫是在替皇上做事，却也让朱元璋认识到，如果放任锦衣卫如此办事，危害实在太大，因此在“蓝玉案”之后，朱元璋便于洪武二十六年（1393年）下令禁止锦衣卫参与司法事件的处理，大小事务都由法司掌握，“诏内外狱毋得上锦衣卫，诸大小咸径法曹;终高皇帝世，锦衣卫不复与典狱，稍稍夷它军矣”，锦衣卫不再参与刑狱之事，仅剩值宿和侦察两项职责 。
明朝中期：永乐称帝后恢复办案权，锦衣卫职权再度加大“靖难之役”后，明成祖朱棣夺取皇位，由于其夺取皇位的手段实在算不上光明正大，为了巩固皇位，查探朝野内外动向，再加上之后的削藩事宜，朱棣又恢复了锦衣卫的办案之权，并对其职责划分和编制进行了重新规定 。
朱棣不仅恢复了锦衣卫的侦缉、办案之权，同时新设北镇抚司，进一步明晰了北镇抚司和南镇抚司职权，其中“南镇抚司”负责本卫的法纪、军纠；“北镇抚司”传理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱（诏狱），可以自行逮捕、刑讯，不必经过司法机构 。
与此同时，锦衣卫规模也进一步扩大，南、北镇抚司下设五个卫所，统领官称千户、百户、总旗、小旗，一般军士称为校尉、力士，雅称为“缇骑” 。锦衣卫的人数，最少时为一千余人，最多时则达到了六万之众 。
不过，锦衣卫职权如此之大，也很容易成为以权谋私的工具 。纪纲执掌锦衣卫后，便充分利用锦衣卫的办案之权铲除异己，例如阳武侯薛禄因为与纪纲争夺一名美色女道士，便被纪纲用铁瓜打破脑裂几乎死掉；又如浙江按察使周新受到纪纲诬陷，以谋反罪被处死 。
当然，锦衣卫仍然扮演着皇帝忠犬的角色，例如内阁首辅解缙因参与太子议立，得罪了汉王朱高煦，结果受到朱高煦的诬陷，被朱棣以“无人臣礼”罪下诏狱，之后大理寺寺丞汤宗、宗人府经历高得抃、中允李贯、赞善王汝玉、翰林院编修朱纮、检讨蒋骥、潘畿、萧引高及御史李至刚等皆被连坐下狱，以致高得抃、王汝玉、李贯、朱纮、萧引高最终病死狱中，而解缙最终也因朱棣的暗示，被丢在雪地活活冻死 。
从明成祖朱棣重立锦衣卫，到明宪宗以前，明朝中期的锦衣卫虽然职权有所扩大，但除了纪纲在位期间胡作非为之外，总体来看危害尚不算大，其所代表的仍然主要以皇帝意志为主 。而史料中所明确提及的锦衣卫最后一桩大案“金刀案”，也出自这一时期，不过由于锦衣卫指挥使卢忠临阵装疯，此案最终没有扩大化 。
明朝中后期：成化后职权进一步扩大，正德后长期依附于东厂明宪宗成化年间，京城先后发生了“妖狐夜出”离奇事件和“李子龙意欲刺驾”事件，两件事情的爆发，让明宪宗大为恐慌，尤其是对于东厂和锦衣卫的侦缉能力极度怀疑 。于是，明宪宗不仅开设了西厂，而且对锦衣卫的职权也进一步扩大 。
先是“妖狐夜出”事件，当时京城有个叫赵灵安的商人在出城经商时，碰到了一个美女，于是便将其带回了府中，结果次日全府上下的人和牲畜全部死光，且所有人和动物皆没有伤痕，而那个美女却没了踪影，于是京城开始流传出狐狸精作怪的传说 。紧接着，便不断有人声称夜间见到一个美女四处游荡，且接连死去了几个人，于是“妖狐夜出”的传说开始迅速流传 。
再是“李子龙意欲刺驾”事件，当时京城有一个以旁门左道闻名一时，极善于蛊惑人心的妖道，名叫李子龙，朝中不少官员也都拜在了他的门下 。于是，在这些官员的帮助下，李子龙得以潜入皇宫，先后到万岁山等地“游览”，传说其潜入皇宫便是意欲弑君，结果还没等他找到皇帝，便被锦衣校尉发现，结果被抓了个正着 。

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