当然了 。传统六大门派：全真教、少林派、武当派、昆仑派、青城派、峨眉派，都是真实存在的 。古代皇帝，从他的本心来说，估计未必喜欢武林门派的存在 。但是，这些门派不仅代表武林，也代表着政治势力 。甚至有些皇帝就是靠这些势力来扶持的 。
全真教 。王重阳以“会”作为全真教的基层单位，于文登（在今山东东部）建立“三教七室会”，于宁海建立“三教金莲会”，于福山（今属山东）建立“三教三光会”，于登州（今属山东蓬莱）建立“三教玉华会”，于莱州（今属山东）建立“三教平等会”，信众无数 。
他之所以能够得到金、元统治者的承认，是因为，如果你不承认他，你还得再打一次山东 。这种以省为规模的大战役，打起来劳民伤财旷日持久，而且夜长梦多，哪个皇帝都不愿意打 。与其打这么大的战役，还不如承认有这么一个武林门派，并且给他特权，让他约束其他武林门派，那多省事 。
少林派 。北周建德三年，武帝禁佛，到了隋，皇帝信佛，大兴佛教 。唐代，十三棍僧救唐王，谁都知道 。唐太宗李世民得益于少林派的支持，干嘛不允许少林派存在？
五代时，福居大师是连续4个朝代的御用教习，少林武僧就相当于皇帝的特种部队 。
宋太祖赵匡胤算是出身于少林 。到了元代皇庆元年，元世祖命福裕和尚住持少林，封赠为大司空开府仪同三司，他也是把少林派当成统治武林的工具 。
明代，先后有八位皇子在少林出家，少林派是什么？等同于皇族的兵力 。
清代，真的不允许少林存在了，火烧少林寺，所以又搞出南少林，这个时候，就算皇帝也禁不住了 。
武当派 。武当住持，也多是受皇封，很多代住持都是敕命为尊 。
再比如汉代，阴长生是刘秀的皇后阴丽华的族人，汉、晋两代，有无数皇族投身武当 。隋唐两代，武当势衰，但是到了宋代，陈抟的出现，又成了皇族的势力 。元代崇道，到了明代，武当对明朝政权的兴起功不可没 。
清代势力虽衰而未亡，也是因为皇帝也管不住他们了 。
昆仑派 。不是99年才建立的新昆仑派，而是古代昆仑派 。古代昆仑派代表的是回族势力，哪个朝代敢轻视？哪个朝代不上赶着安抚这帮穆斯林，还敢管人家立派？还嫌他们造反造得少啊？
青城派 。青城自古以来，分为道家、佛家、侠家三大支系，历朝历代，都必有一个支系与朝廷有关，永远有一个支系是受皇封的，包括清朝 。他们就是皇帝在民间的特种部队，留不留？
青城派的势力之强横，碾压所有门派，基本与少林武当持平 。像《笑傲江湖》里那样，什么狗屁华山派、五岳剑派就敢惹青城派，那是不可能的 。
明代，朱元璋在位时，大内亲军都督府里有一半是青城派弟子 。历年来，出身青城派，在朝廷被封了“X品将军”的人，共171人 。后来的东厂西厂锦衣卫，你都可以认为几乎就是青城派的内斗，它的势力之大，跟朝廷的关系之密切，是其他所有门派都望尘莫及的 。若真有一个《笑傲江湖》里那样华山派，用不了俩月，别说华山派鸡犬不留，华山都能被削成平地 。
峨眉派 。峨眉也是同时拥有佛道两家势力 。峨嵋派是真正的宗教性质，条令森严 。外出的峨眉派弟子，只以“峨眉弟子”自称，不能够乱报师门 。峨嵋派是老师进行所谓的“代神授徒”，自称为大师兄，只让徒弟拜神位，奉行“道门修道，佛门修佛，千古共一师”的遗训 。
峨眉山为道教“第七洞天”，只不过在晋代佛教正式进入峨眉以后，道教地位弱化 。
【古代皇帝真的会允许这些门派存在吗，类似武当派峨嵋派？】