现存的“道藏”分为三窟、四辅、十二类 。三窟分别为东真、东玄、东深，继承陆修静《三窟经录》的称号 。“洞”字解释为“通”字，即通真、通玄、通神之意 。道经的来源各不相同，各有各的教学体系 。《道教三窟宗元》和《三窟并序》都说：东真是天宝君所传的经，是上位者；倍增 。“三君为宗主”，即天宝君为东真宗主，灵宝君为东玄宗主，神宝君为东神宗主 。此外，《道经目录·番例》：以元始天尊名所创作的所有经典都收录在东真部，《上清经》属于其中；道教太上帝所创经典皆入东玄部，《灵宝经》属其；老君以太上之名所著之经，皆入东神部，《三皇经》属其中 。道教认为“三孔经、道纲、太虚玄宗、先贤第一经”，所以三孔经是道家经中最重要的三大类 。但后来，道教经文越来越多，三个洞窟的分类体系变得混乱 。
四府是“太清”、“太平”、“太玄”、“正一”的总称，是对三窟的解释和补充 。四府的分类法在唐代尚无，宋初编第一道藏时只有六种 。宋朝公武《君斋独术志》曰：“道藏六书：一为大洞真部，二为灵宝洞玄部，三为太上洞神部，四为太真部，第五为太清系，第六为第一 。”郑桥《同治》卷七十二曰：“太玄经为忌，故改《崇文》为太真 。”所以，这里的太真部，就是太玄部?? 。后来，王钦若等人在编纂《宝文通录》时，按照《玉卫七部经目》的分类法，在《道藏》中增加了所谓的“四辅”；除了《太平部》中提到的六个部门外，还增加了太平部 。王钦若等人也为此编撰了《三窟四辅》 。四府的典籍主要收集了当时民间流传的一些道经、道书，在原有的三个洞窟之外，做了一些补充 。据《道理》卷六《云集七象》记载：太玄部为东真经的辅；太平部是东玄经的辅佐；太清部为洞穴神经的辅助；正一统关三东和太清、太玄、太平遍及陈三城，是以上六师的补充 。虽然《正统道藏》仍分为三孔四辅，但实际上划分已经混乱 。比如清代上位经本应归入东真部，大多误入正义部；救世经各派注解本应归入东玄部，现在却误归入东真部；道家子类的解释本应纳入太玄部，现在也误入洞窟了 。
十二类，每一类又分为三窟下十二类，共三十六类经，又称三十六章 。十二类在宋前原称十二卷，后来因“部”字与三东、四府的“部”同，合称七卷 。七是指每本书的系统，十二是指由于每本书的性质，这两个名字不应该混淆，所以“十二本书”被重新命名为十二类 。《道理》卷六和《云集七象》中，十二类为第一类：先有道经，后创道教 。，都属于这一类；第二类神符：“神”神秘莫测，“福”为符如符，三孔符全部为龙章凤印，灵机符，都属于这个 。第三类玉诀：“玉”是宝物，“觉”是解决问题 。古人写经，常用金书 。因此，每部道经的注解和简明的意思都称为玉诀，取金玉两面 。合作的意义；第四类神画：“神”为神通，“图”为图画，凡以《道经》、《道书》中图像为主的文字插图或作品均归入这一类；第五类领悟：“普”为家谱，“禄”为记载，凡记载圣人事迹功德的道书都归入这一类；第六戒类：“戒”是劝善避恶的警告，“法”是应该遵守的规定，凡与戒律等有关的经文和功过，都归入这一类；第七类威严：“威”意为庄严的天气，“易”为斋戒之礼，斋法、礼礼、道教礼制的所有作品都归入这一类；八法类：本义指一切有关修身修行、设坛祭祀等各种方法的书籍，后来与“诸术”杂项；九类诸术：原指炼丹、五行变化、诸术类书籍，后混入“方法”类书籍；第十传类：神仙传记、铭文等 石周记、明通记、烈仙传、神仙传等山都道观编年史，诸铭、诸山志等，均属此范畴；第十一类赞：《赞》为赞，《颂》为赞正统道藏中术数书籍，即赞作品，如不虚辞、赞令章、朱振宝高等；祈求翟立时，献上天帝之章青字 。

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