而这时，地球上乱成了一锅粥，在Combine严密监控下，危机无处不在 。地球上随处都可以见到“心灵传输”，大量属于Xen的生物被送往地球的各个角落，大肆的屠杀让人类文明荡然无存，战争所波及的地方全部变成了废墟，地球处于一片混乱 。人类开始往城市中寻求更好的避难所，许多难以顾及的地区，比如乡村和郊外都被人类放弃 。巨大的人流逃亡到有军队保护和铁丝围绕的城市当中，17号城就是一个这样的城市 。在城市中，人们的生活恢复到从前，这些城市也给人们带来了安全感 。而这些城市之外的世界饱受外星生物的侵蚀 。
2004年，Combine入侵地球计划实施 。Combine通过Xen和地球之间的时空门大举入侵，他们以17号城为根据地，通过先前在Xen身上实验成功的技术制造了一种与人类优势人种的DNA结合的新生物“Super-Army” 。Super-Army的进攻让人类陷入惊恐 。人们看到城市的中心在塌陷，形成一个个巨大的深渊，而就在这些深渊中，要塞一一出现 。一眨眼的功夫，Combine的力量便从要塞中疯狂倾泻出来，涌向了城市的每个角落 。地球的防御力量很快就被淹没在这片洪流中，这场战争，就是《半条命2》中提到的“七小时战役” 。防御系统全面瘫痪后，虽然人类动用了核武器去对付这个新的威胁，不过仍然无济于事 。在这个突然出现的强大力量面前，任何抵抗都显得毫无意义 。
7战斗还将继续
七小时战役之后，Breen博士，这位看上去稳重、优雅的长者，黑山研究所的总负责人，宣布了人类投降的决定 。他在混乱中趁机夺取了政权，说服人类向Combine投降并归于Combine的领导 。在没有其他选择的情况下，人类只好妥协 。于是Breen博士开始代表Combine向人们讲话，并得以分到一些权力 。“我们应该感谢我们的恩人(Combine)，是我们的恩人(Combine)为我们提供了17号城这个剩下的最好的城市，17号城市正在成为我们真正的家园，这里永远都是最安全的地方”这样的屁话Breen博士无时无刻不在人们面前宣扬 。既然人类已经投降，Combine便把注意力转向了地球 。他们通过“空气交换程序”将地球上的大气全换成了人类几乎不能吸入的新型气体 。然后又设立了Supression
Field法规来防止人类繁殖 。这样地球上将不会有新的人类生命诞生 。最后，他们还在人们喝的水中放入一些物质使人们渐渐地忘记过去，以便人们更易于向Breen和自己屈从 。Combine还想抽干地球上的海洋，海洋干涸，人类越来越难以生存下去 。Freeman就出现在这么一个绝望而混乱的情形中，他是人类企图摆脱Combine控制的唯一希望 。
不过Combine对地球的侵略也招来了来自Xen上怪兽的不满 。Combine在不断压迫着人类的同时，也在努力驱除着狮蚁以及其他来自Xen的生物 。其中就有自由了的弗地岗人打算与地球反抗力量结成同盟准备向Combine复仇 。而那些低智商的头蟹等种族却只知道傻傻的攻击他们所能发现的一切东西 。Combine与狮蚁之间的大部分战争发生在城市边缘抑或是某些废弃的建筑里 。这时的人们大都集中在城市中心，这样可以免予受到战争的波及 。地球上的边缘地带，聚集着大量头蟹和僵尸 。反抗力量出现在这些危险地带，这些Combine相对难控制的区域 。
2010年反Combine联盟的行动开始 。一小部分人建立了一个地下反抗组织，企图使人类最终摆脱Combine的控制 。这个组织中有伊莱·凡斯博士，他的女儿艾丽克斯·凡斯，朱迪斯·莫斯曼博士，克莱那博士和原黑山的警卫巴尼 。反抗组织成员在使用了伊莱实验室提供的技术之后显得更加神勇，最终掀起了一场彻底的革命 。成员们已经开始公开对抗Combine的势力 。反抗组织对于Combine的每一步行动都有与之相应的对策，这些对策起到了相当好的效果 。于是反抗力量迅速展开并扩大到整个城市，所到之处敌人被消灭得一干二净 。而来自Xen的生物弗地岗人也成了反抗组织的新成员 。

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