到了12月，卢象升在孤立无援中战死;孙传庭临危受命，被崇祯授以兵部左侍郎兼都察院右佥都御史之职，并赐尚方宝剑，接替卢象升总督各镇援兵 。然而，此时的他，除了手下的关中兵外，实际上已无其他兵可督 。
公元1639年，清军袭扰山东，由于战略上的分歧、责任上的模糊，时任保定总督的孙传庭与担任督察的内阁首辅刘宇亮、关宁总监高起潜产生了矛盾，处处遭受掣肘 。但他仍坚持不轻出、严守备、伺机攻的方略，多次邀击清军，取得小胜 。
其间，面对各方面的困难，孙传庭曾多次请求面见崇祯、商讨军事，但遭受高起潜、兵部尚书杨嗣昌的阻挠，难以成行;
3月下旬，因感冒导致耳朵阶段性失聪，孙传庭请辞总督一职，但崇祯认为他是心怀不忿、推诿责任，连续两次让人核实真伪;
在这期间，保定府学教谕尹三聘趁机诬告孙传庭，崇祯受杨嗣昌、高起潜等人的影响，轻易失去了对孙传庭的信任 。当年七月，他将孙传庭革去职务、逮捕下狱，连派去调查病情真伪的杨一儁也被以“包庇”罪同时遭殃 。
孙传庭在监狱中一待就是三年，这期间，大明王朝的问题不仅未得到缓解，反而进一步加重 。李自成、张献忠卷土重来，崇祯的江山每况愈下、岌岌可危 。千钧一发之际，孙传庭终于被放了出来 。

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第三阶段：困难重重，无力回天 。
公元1642年，被崇祯释放的孙传庭出任兵部右侍郎，其后接替战死的汪乔年担任陕西三边总督 。
赴任之后，孙传庭才发现了一个现实：在自己被囚禁的三年里，形势已经巨变——农民起义军的力量已经今非昔比，明军的腐败无能令人震惊;面对国难，权贵、豪强的自私冷血却越发肆无忌惮 。面对这一残破局面，当初自己许下的“五千精锐就可以剿贼 ”的许诺显得那么的不现实 。鉴于曾经的部下已经在与清军的战斗中消耗殆尽，孙传庭一边筹集军饷，一边训练新兵 。
但崇祯急于解救被李自成围困的重镇开封，多次催促孙传庭出关救援 。10月，孙传庭只好带着训练不足、后勤匮乏的大军出关 。虽然在初期以四面埋伏之计取得大胜，但由于连日降雨、粮草不济，急于争抢战利品的明军被李自成各部趁机反攻，在损失了数千人后，孙传庭率残兵奔回陕西 。

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回到关中的孙传庭继续招兵买马、训练军队、补充军备 。半年内，局面大为改观，不仅军队士气、战斗力幡然一新，武器装备也得到了大幅增强 。
然而，由于目睹越发迫切的形势，孙传庭危机感与日俱增，这让他在练兵期间急于求成，不得不驭下严厉，动辄以军法从事;此外，为了筹备后勤物资，他经常催促当地的地主豪强为国捐献 。
这就导致了这样一种结果：虽然孙传庭一心赴国难，但在这个过程中却得罪了太多的人 。关中豪强、权贵巴不得这位“瘟神”尽快出兵、离开陕西，于是他们造谣孙传庭之所以按兵不动，是心怀不轨、意图养寇自重，朝廷里更是议论纷纷 。
面对来自各方的压力，孙传庭不得不“主动请战”，于公元1643年5月率领各路大军十余万出潼关 。然而在出发前，他写给兵部尚书冯元飙的信里表示自己“不欲速战，见上意及朝论趣之急，不得已誓师”，即在崇祯的督促、舆论的压力下，不得不兵出潼关 。

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这一幕，跟安史之乱期间哥舒翰被逼率兵出潼关的情形惊人的相似，结果也极为类似：明军一度占据优势，但由于连日大雨、条件恶劣，后勤出现了严重问题，粮道也被义军大将刘宗敏切断;孙传庭无奈之下，只好回师迎粮 。然而在撤退的过程中，负责殿后的陈永福部官兵擅自逃离，当义军趁机尾随猛攻时，明军全线崩溃，孙传庭仅带着四万残兵退守潼关 。

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