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（一）“人种更替说”：认为在日本列岛曾发生一次乃至两次人种更替 。如在19世纪80年代,解削学家小金井良精认为,在绳纹时代生活于日本列岛的原住民是阿伊努入,绳纹时代后他们被大陆来的其他人种驱赶往北方 。
（二）“混血说”：认为“原日本人”（旧石器时代的日本人）在绳纹时代之后,与大陆或南洋诸岛移居来的其他人种混血,逐渐形成现代日本人 。医学家清野谦次首先提出“混血说”,直至20世纪30年代,仍为学界主流 。
【日本的由来】（三）“演变说”（或称“连续说”）：认为绳纹时代的日本人由于生活方式的变化,其体质逐渐演变,成为弥生时代人、古坟时代人乃至现代日本人 。它更为重视人种的继承性,既不赞同“人种更替说”,也不大重视混血对日本民族构成的影响 。二战后,东京大学人类学研究室的长谷部言人和铃木尚教授持此说,至今对学界仍有影响 。
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