神宗又命巡抚按察司各位大臣赐给张居正玺书，又专门雕刻了一枚“帝赍忠良”银印章赐 给他，让他可以像杨士奇、张孚敬一样对皇上上密折言事\又告诫内阁次辅吕调阳等:“不要轻 易决定大事，派人到江陵，听张居正处理 。”张居正在行前推荐礼部尚书马自强、吏部右侍郎申时 行入阁 。
马自强向来对张居正不满，这次意外地被张居正推荐人阁，对他非常感谢，而申时行和 张四维都与张居正亲近，张居正这样精心安排完，才放心回家葬父 。
神宗刚刚即位时，不到10岁，宦官冯保十分细心地照看他的饮食起居 。神宗稍有不听话 时，他便告诉对他管教很严的慈圣皇太后，每次总是严厉责备，并且说:“要是张先生知道了，怎 么办? ”于是神宗从小就很害怕张居正 。
神宗年龄大了以后，对此十分反感 。神宗十分喜爱引导他游玩的小宦官孙海、客用 。慈圣 太后命冯保将孙海、客用逮捕起来，拷打之后驱出了皇宫 。张居正又条列了孙海等人的罪状，请 求将他们的党羽全都斥逐掉，又下令司礼监以及其他宦官都对自己过错一一条列，然后由皇上 决定去留 。
并且劝神宗不要耽于游玩宴乐，而要起居有节，为多生后代蓄养精神，要节省奖赏费 用，拒绝接受珍宝玩物，亲自处理朝政，多学习治理国家的经验等等 。
看在太后的面子上神宗不得不答应，而内心里却对冯保和张居正十分不满 。
张居正生病后，神宗多次下谕慰问他的病情，赏给他很多银钱为他治病 。
张居正病了四个 多月，一直没有痊愈 。百官都为他斋蘸祈祷，很多地方的大臣也都为他斋醮 。神宗让张四维等 负责处理朝政的一些小事，大事就派人到张居正家中请他处理 。
起初，张居正还能胜任，后来因身体虚弱，无法全都看完，但还是不让张四维等插手 。后来 病情恶化，他要求辞职回乡 。
神宗下诏挽留，称他:“太师张太岳先生 。”张居正知道自己的病已 经难好了，推荐前礼部尚书潘晟和尚书梁梦龙，侍郎余有丁、许国、陈经邦 。后又推荐重用尚书 徐学谟、曾省吾、张学颜、侍郎王篆等，神宗把这些名字都写在御屏上了 。
潘晟，是冯保强令张居正举荐的 。
当时张居正已神志不清 。他死后，神宗停止上朝表示哀 悼，并下谕祭祀九坛，以国公和师傅的礼节对待 。

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