于是，努尔哈赤不得不在褚英和“四贝勒”、“五大臣”之间作一个抉择，经过反复权衡，他最终决定疏远褚英，此后两次进攻乌拉，褚英再也没有领兵出征，而是被留守后方 。
然而，面对努尔哈赤的疏远，褚英非但没有汲取教训、反躬自省，反而“意不自得，焚表告天自诉”，诅咒外出征战的军队，并扬言，“若被击败，我将不使被击败的父亲及弟弟们入城” 。事发之后，褚英被以“咀呪之罪”，于万历四十一年(1613年)三月二十六日被幽禁于高墙之中 。
努尔哈赤本希望褚英被幽禁后，远离朝政的他能够有所悔悟，然而失去了政治权力的褚英，非但没有悔改，反而心中愤懑不已 。于是，在被幽禁两年之后，即万历四十三年(1615年)八月二十二日，褚英被努尔哈赤以不思悔改的名义下令处死，年仅三十六岁 。
《满文老档》对此有载，“聪睿恭敬汗以其长子阿尔哈图图们，心术不善，不认己错，深恐日后败坏治生之道，故令其囚居于高墙内，经过二年多之深思，虑及长子若生存，必会败坏国家 。倘怜惜一子，则将危及众子侄、诸大臣和国民 。遂于乙卯年聪睿恭敬汗五十七岁，长子三十六岁，八月二十二日，始下决断，处死长子” 。
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