邓禹充分发挥了自己军队得民心的优势，每到一个地方都会专门停下来慰问、劝勉来投奔的人，这使得从老人到小孩众多的百姓都拥挤在他的车驾前，对其心悦诚服 。这也使得邓禹的名声得以威震关西 。虽然形势一片大好，底下的豪杰将领们也都希望他继续向长安进军，但邓禹则认为自己的部队人数虽然多但能征善战的少，并且面临着严峻的后勤补给问题，这很难和刚刚取得了胜利的赤眉军作战，于是选择先平定上郡、北地、安定三郡，获得物资后再继续抗敌 。
邓禹和手下将领分兵一路留下守卫，自己则率兵前去攻打三郡，结果却遇到留守将领争权相攻导致反叛的情况 。机智的邓禹在云阳屯兵，并招降叛军将领的好友，最终使得叛军内讧，反叛的将领被捉拿服罪 。虽然叛乱得以顺利平定，但邓禹的军威从此便受到影响走了下坡路 。
处理完内乱的邓禹继续西进进攻赤眉，而赤眉军则因为长安的粮草已经耗尽而向西朝扶风郡进发，原本长安对邓禹来说已经唾手可得，可是赤眉军并未就此罢休，整肃军队后对邓禹进行反扑，结果可想而知，邓禹大军遭遇惨败 。坏消息可不止这一个，邓禹在招降汉中王刘嘉的过程中，又因为斩杀了倨傲无礼的汉中国相李宝，导致李宝的弟弟攻打邓禹，邓禹再次损兵折将 。接连惨败逼得邓禹败走高陵 。
汉光武帝刘秀得知邓禹的部队多次失败，也让邓禹撤军，并且让后来同为云台二十八将之一的冯异率兵来接替邓禹，邓禹对于自己领兵平定关中却未能成功感到非常愧疚，仍旧选择放手一搏，不听冯异劝阻依然继续进攻，最后的结果可想而知 。
邓禹在遭遇这一系列的惨败后，最终主动引咎交出了自己的大司徒和梁侯(汉光武帝后来改封地)的印章 。不过惜才的汉光武帝刘秀又将梁侯的印章还给了他，还在几个月后又将他拜为右将军 。
其实邓禹如果真的论起军事才能来说的话，他在云台二十八将中确实不算出彩，因为他在西征关中时的多次败绩其实已经暴露出了他在军事指挥上存在的不成熟的部分 。但邓禹对于汉光武帝的作用就像是萧何对于汉高祖的作用，邓禹的识人之明也好，以及对汉光武帝在战略上的出谋划策也好都给予了汉光武帝平定天下的过程以很大的帮助，更重要的是他还能在行军打仗之际安抚民心 。因此他之所以能够在多次败绩的情况下还能成为云台二十八将之首，除了他积累的众多战功以外，相信这些原因也是不可忽略的一部分吧 。
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