当然方国珍因早年无大志，已失去大多的先机，所以这个时候方国珍周边的势力都要比他强的太多太多了 。如此，此时方国珍虽然投降于朱元璋，但他也不敢得罪元廷、张士诚等势力，他对各个势力都是极尽讨好，左右逢源，从不轻易得罪谁 。他一面帮助朱元璋运输粮草，接受朱元璋的官职，另一面又帮助元朝运输粮草，又接受元朝的官职，终之就是谁也不得罪 。
但是这种左右逢源的生活始终是过不长久的，方国珍始终是要归顺于一个势力的 。最终在1367年，有着一统天下远大志向的朱元璋终于不甘于方国珍只是臣服，而不是归顺 。九月，朱元璋派遣朱亮祖进攻方国珍的地盘，不久台州、温州皆被攻克，后方国珍最终纳土归降 。
并上书:“臣听说天无所不盖，地无所不载，王者体天法地，对人无所不容 。臣长期以来蒙受主上的宽待之恩，不敢做出自绝于天地的事，因此一陈愚衷 。臣本是庸才一个，遇上这多事之秋，起兵于海岛，没有父兄之力相助，又没有帝制自为的野心 。当主上率军浩浩荡荡到达婺州时，愚臣马上派儿子前去侍奉，就已经知道主上会有今天，我将如依日月之余光，望雨露之余润 。而主上推诚布公，派我驻守乡郡，就像以前吴越一样 。臣遵奉条约，不敢妄生枝节 。只因堂侄性情暴躁，偷偷挑起衅端，烦劳问罪之师，我心里战战兢兢，因此派守军出迎 。然而最后还是飘浮入海，为什么呢？孝子对于父亲的责罚，如果是轻微的杖责便接受，如果是重杖的话便会逃避，臣的事情就与这种情况相类似 。我想马上自缚去朝廷请罪，又惟恐遭斧钺之诛，假使天下后世不知道臣得罪你有多深，将会说主上之心不能容臣，这岂不会连累天地之大德吗？”朱元璋看后，致书与方国珍说道“你违背我的告诫，不马上收手归命，反而流入海上，负恩实在太多 。今天你已走投无路，又情词恳切，我理当以你此诚为诚，不以前过为过，你不要自起疑心”，不久方国珍入朝参拜，朱元璋授予他广西行省左丞，但只享食禄而不上任 。
1374年5月8日，方国珍去世，葬于南京城东20里玉山之源 。死后，朱元璋亲自设祭，并命翰林学士宋濂为《神道碑铭》为祭，给予他厚葬 。
方国珍能善终，究其原因在于他的“胸无大志”，从朱元璋崛起的那刻起，方国珍就一直是臣服于朱元璋，这其中虽然方国珍一直对朱元璋是阳奉阴违，更是左右逢源于其他势力 。但自始至终，方国珍都未与朱元璋正面对抗，且对朱元璋也算是恭顺 。
在朱元璋麾下苗将蒋英等反叛时，他们要归顺于方国珍，可方国珍不但不接受，反而是帮助朱元璋捉拿蒋英等人，为此他的哥哥方国璋还付出了性命 。之后在朱元璋进攻方国珍时，方国珍也并未进行多大的抵抗，不久就投降于朱元璋 。如此，从方国珍对朱元璋种种的表现来看，方国珍识时务的做法最终救了他自己 。
其实这样看来，方国珍的胸无大志未尝不是件好事，他没有称霸天下的野心，所以他并未与朱元璋成为死敌，而就是这样，朱元璋也才放过了他 。

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